海军方面在得到了这个情报之后反复确认之后，单独停止了海军航空兵对南京的空袭，海军所属舰船退出交战区域，因为这是一个极为恶劣的特殊案例，陆军方面公然欺骗海军方面，导致前往下关拦截中国军渡江的八艘战舰中一艘重创搁浅，三艘遭到重创，恭田山下与山本大岛二名大佐毙命，腾田进安中佐以下二百四十三名官兵殉职的惨剧，最为重要的是被击中搁浅的鬼怒号是帝国的新锐轻型巡洋舰，是八八舰队的配属组成部分。
帝国海军的每一艘战舰都是属于神圣的天皇陛下的，因为陆军方面的过失导致海军出现如此重大的人员伤亡？而且还可能沉没一艘昂贵的新锐轻型巡洋舰？海军方面是无论如何也接受不了这个结果的。
当朝香宫鸠彦亲王接到海军方面遭受巨大损失，擅自停战指责陆军方面的消息后，顿时就感觉自己一个头两个大，陆海军两个兵种之间的矛盾可以说从明治维新时代就开始了，历任了几代天皇与军部三长的协调之后，原本的矛盾不但没有得到拟合反而有越来越扩大的趋势。
实际上归根结底就是因为海军占用了太多的资源所致，日本是个资源贫瘠的岛国，拥有一支水面战斗舰艇总吨位超过二百万吨，编制有世界最强大的航母战斗集群的联合舰队，对于日本来说负担可想而知。
所以陆军连拥有吨位大一点的坦克，甚至是冲锋枪都成了奢望，所以陆海兵种直接的矛盾愈演愈烈。
关于此番事件，为了平息海军方面的愤怒，朝香宫鸠彦立即派出“中支”派遣军黑田参谋长前往第九师团，并且直接给第九师团的师团长吉佳良辅发出电报，责令其调查事件的原由，如果海军方面的指责属实的话，当责令第九师团方面将谎报和瞒报的军官就地处决。
可以说朝香宫鸠彦处理的手段和方式是相当的严厉，在日本陆军内部，无论多么大的过失，都会允许其剖腹自尽，以洗刷自己的耻辱，而朝香宫鸠彦亲王的做法正符合他一贯的行事作风，根本不给犯有过失的军官以洗刷耻辱的机会，让其背负着耻辱死去，从这一点上看，朝香宫鸠彦的处罚力度确实非常之大。
日军作战尤其是海陆兵种配合作战时，其都有详细的记录可供查寻之用，记录人记录的时间，记录人的签名，交接，注明的事件与命令下达接收的时间，接收人等等都有着详细的记录。
所以调查的结果很快被呈报给了朝香宫鸠彦亲王这位“中支”派遣军的代司令官，朝香宫鸠彦顿时怒不可遏的摔了调查卷宗，一个区区的大尉大队长，为了劫掠财物和支那女人，竟敢谎报军情？
不过朝香宫鸠彦也清楚区区一个秋野力是无法平息海军方面的愤怒的，但是在往上就是步兵第七联队的联队长伊佐一男了？枪毙一名大尉无关紧要，但是勒令一名大佐剖腹的影响可就不小，此番攻陷南京他需要的是一个近乎完美的作战过程，这是他晋身大本营权力中心之前最后一次表演的机会，朝香宫鸠彦怎么能允许这次表演出现瑕疵？
朝香宫鸠彦可谓是费尽了口舌，才勉强让海军方面接受了枪毙第九师团所属步兵第七联队副联队长吉野大雄少佐，步兵第一大队秋野力大尉大队长，金泽川一少尉等以下二十人，责令步兵第七联队联队长伊佐一男大佐在二十四小时之内攻陷燕子矶炮台，否则当剖腹自尽的惩罚。
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